Программа, которую Вы используете для закачки файлов на Ваш сайт скорее всего позволяет устанавливать и права доступа к файлам и папкам. Сначала надо соединиться с сервером и выделить файл, для которого Вы хотите установить права, после этого в зависимости от программы:

• Проводник Windows: нажмите правой кнопкой на папку и "Свойства".
• Total Commander: зайдите в меню "Файл", "Изменить аттрибуты".
• FAR Manager: нажмите Ctrl+A.
  
• CuteFTP: назмите правую кнопку мыши и выберите "CHMOD".

Если Вы используете менеждер файлов, расположенный на сайте, то обычно рядом с файлом указаны права доступа (например, "rw-r--r--"), и есть возможность их изменить.

Для правильной работы каталогы обмена ссылками необходимо установить права записи "для всех", то есть "rw-rw-rw-" или "666".